据《环球时报》记者了解，中国驻捷克大使馆已正式书面照会捷克政府表示抗议。“藏旗事件”主角之一、捷克绿党议员雅克自称此举是：“在会议上表达意愿，向中国代表提出人权与西藏的课题。”据《布拉格邮报》报道，捷克所有其他党派的议员都表示对此行为予以批评，称这至少是完全没有必要的。捷克和摩拉维亚共产党主席巴维尔·科瓦奇科表示：“我谴责这项挑衅及幼稚的行为。”捷克旅游记者协会主席切尔尼说，绿党议员的举动是一种极其不礼貌的行为，可以说是捷克的耻辱。捷克最大反对党社会民主党议员弗拉丝塔·鲍赫塔洛娃也表示，绿党议员此举属严重滥用议会所在地的行为。

而雅克事后向捷克媒体表示，她此举是贯彻捷克众议院今年4月通过的一项涉藏决议。鉴于绿党一贯的反华立场，不排除绿党议员今后在中国代表团访捷时再次制造类似事件的可能性。

捷克媒体在报道此事时大多与捷克总理米雷克·托波拉内克今年7月在宣布出席北京奥运的新闻发布会上公然戴上“藏独”徽章一事联系起来。在捷克，支持“藏独”的政客为数不少。类似这种有损中捷关系的事件多次发生。

捷克绿党主席、副总理兼环境部长布尔西克就是个支持“藏独”的铁杆人物。他近些年来每年都在自己位于布拉格的住宅悬挂“雪山狮子旗”。去年3月10日，布尔西克与达赖集团在欧洲的头目共同在其领导下的环境部门前挂“雪山狮子旗”，这也是捷克在中央政府部门首次悬挂“雪山狮子旗”。今年3月，布尔西克继续在环境部门前悬挂“雪山狮子旗”，而他领导的绿党不顾众议院主席弗尔切克的反对，在众议院绿党办公室的窗前也悬挂出“雪山狮子旗”，造成十分恶劣的影响。此外，在捷克绿党成员担任部长的教育体育部也悬挂“雪山狮子旗”。

捷克政府虽一直声称不支持“藏独”的立场没有改变，但出于国内政治的考虑，在西藏问题上经常采取暧昧的态度。这使得捷克国内一些明智的政客对中捷两国关系今后如何发展感到担忧。